Флаг Неклиновского района разработан авторским коллективом Союза геральдистов России и утвержден решением Собрания депутатов Неклиновского района от 20 декабря 2006 года №184. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 2905.

"Флаг Неклиновского района представляет собой прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края три волнистые полосы: голубую - 1/45 ширины полотнища, белую - в 1/45 и голубую - в 1/6 полотнища; посередине красной части - белый покров над жёлто-чёрным цветком подсолнуха, посередине нижней голубой полосы - белый осётр, повернытый к древку".

Обоснование символики флага Неклиновского района.
Флаг района разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, экономические и природные особенности района.
Деление поля символизирует географические особенности района - степные просторы отражены красным цветом, голубой цвет по краям символизирует Азовское море, по побережью которого проходит южная граница района. Наличие богатых водных ресурсов определило развитие рыбоводных хозяйств в районе, показанных на флаге белым осетром.
Перемена синих и красных частей поля герба также аллегорически показывает историческую связь Неклиновской земли с казачеством - казацкие станицы появляются здесь с XVII столетия (синий и красный - традиционные цвета казачьей формы).
Основой экономики района является сельскохозяйственное производство отражённое жёлтым (золотым) цветком подсолнуха. Подсолнух - символ плодородия, единства, солнечного света и процветания.
Золото - символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Изображение покрова на флаге символизирует название села Покровского - административного центра Неклиновского района, делая флаг гласным.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Красный цвет - символ мужества, силы, трудолюбия и красоты.
Голубой цвет - символ чести, благородства и духовности.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки), Михаил Медведев (Санкт-Петербург), Олег Тесля (Таганрог),
художник и компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва),
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Использованы материалы сайта сайта Администрации Ростовской области

По данным В. Пермякова флаг первоначально был утверждён с другим описанием: "Флаг Неклиновского района представляет собой прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края голубую полосу в 7/30 полотнища; посередине красной части — белый покров над жёлто-чёрным цветком подсолнуха, посередине полосы — белый осётр, повернутый к древку". Т.е. нижняя полоса была одна и она не была волнистой. Видимо, правки были сделаны в ходе консультаций с Геральдическим советом.