Район существовал в 1927-1938 гг., в 1991 г. - восстановлен. Центр района - с. Гальбштадт.

Флаг Немецкого национального района утверждён Решением районного совета депутатов от 19 мая 2016 года № 292. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 11015.

2.1. Описание флага Немецкого национального района гласит:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, составленное из трёх горизонтальных полос синего, жёлтого и красного цвета в соотношении 1:4:1, воспроизводящее выходящего из середины красной полосы орла из герба Немецкого национального района».
...
2.3. Обоснование символики флага Немецкого национального района.
Флаг Немецкого национального района составлен на основе герба Немецкого национального района
Административный центр Немецкого национального района село Гальбштадт образовалось в 1908 году во время массового переселения безземельных крестьян с юга Украины, Запорожской, Екатеринославской, Мелитопольской областей, юга Поволжья, Оренбургской и Саратовской областей. В 1914 году и до 1920 года под влиянием Первой Мировой войны с Германией село было переименовано в «Полгород» (т.е. город наполовину). В эти годы село Гальбштадт являлось центром Немецкого района Западно-Сибирского края, в который входили все села с населением немецкой национальности, в том числе Славгородского, Хабарского, Знаменского районов. 21 сентября 1949 года село Гальбштадт было переименовано в село Некрасово Славгородского района. 19 июня 1991 года по ходатайству населения вышло решение Алтайского крайисполкома «О воссоздании Немецкого национального района», возвращено название Гальбштадт.
Эти события легли в основу флага района, символика которого многозначна.
Фигура орла, характерная для геральдики Германии, выходящая из красной (червленой) части оконечности (аллегория пламени костра) подобна фигуре легендарной птицы Феникс - мифической птицы с алым оперением, обладавшей несравненной красотой. Прожив много столетий, она сожгла себя в пламени костра и возродилась из пепла. История орла-феникса аллегорически напоминает историю Немецкого национального района, возрождавшегося к жизни.
Желтый цвет (Золото) символизирует Кулундинскую степь, где расположен Немецкий национальный район. Золото – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Красный цвет (червлень) – символ борьбы, труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Синий цвет (лазурь)– символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения, мира и чистого неба.
2.4. Авторская группа.
Идея: Кнауб Владимир Иванович (село Подсосново), Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По сообщению В. Пермякова