Флаг города Нерехты и Нерехтского района утвержден решением Собрания депутатов муниципального района город Нерехта и Нерехтский район от 21 марта 2007 года №224 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3245. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище желтого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее чёрное изображение раковин из герба района и вдоль древка - голубую полосу в 1/4 полотнища".

Обоснование символики флага муниципального района город Нерехта и Нерехтский район.
Флаг разработан с учётом герба района, за основу которого взят исторический герб уездного города Нерехты Костромской губернии Костромского наместничества, Высочайше утверждённый 29 марта 1779 года, подлинное описание которого гласит: "Въ 1-й части щита, часть герба Костромского: въ голубомъ полъ, корма галерная съ тремя фонарями и съ опущенными лъстницами - въ голубом полъ. Во 2 - й части - в золотомъ полъ, двъ черныя раковины улитки, означающая двъ ръчки, находящееся около сего города, изобилуюшдя оными".
Город Нерехта, центр одноимённого района, имеет богатую историю. Первое официальное упоминание о Нерехте датируется 1214 годом в "Летописце" Переславль - Суздальского монастыря, однако город, удобно расположенный у впадения Нерехты в Солоницу, заселялся славянами уже в X веке.
В ХIV - ХVIII в.в. Нерехта является центром солеварения. С ХVIII в. здесь развиваются иконопись, сапожное, серебряное, льнополотняное ремёсла. В 1761 году в городе основана первая полотняная фабрика.
Несмотря на богатую историческими событиями жизнь города Нерехты, всё же мотивом для составления герба городу Нерехте в 1779 году послужило именно географическое расположение города: две раковины улитки аллегорически показывают две реки - Нерехту и Солоницу.
Раковины улитки имеют в геральдике следующий смысл: "Блажен тот, кто во всём есть предосторожен".
Жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, прочности, силы, великодушия. Вместе с тем, золото - это цвет солнца, зерна, плодородия.
Чёрный цвет в геральдике символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия.
Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности; на флаге голубая полоса подчёркивает принадлежность района Костромской области.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки);
компьютерный дизайн: Юрий Коржик (Воронеж), Галина Русанова (Москва)".

Использована иллюстрация на странице ООО "Ареал-Сервис", а также материалы сайта Союза геральдистов России