Прежнее, немецкое, имя города - Шталлупенен (Stallupoenen). В 1938 году он был переименован в Эбенроде (Ebenrode). С 1946 года - Нестеров. Некоторое время c 2004 по 2008 годы существовал Нестеровский городской округ, затем в 2008-2018 годах - Нестеровский муниципальный район, затем вновь Нестеровский городской округ. С 1 января 2022 года статус муниципального образования изменен, теперь это Нестеровский муниципальный округ. При этом в административно-территориальном делении области сохранен Нестеровский район.

Флаг Нестеровского городского округа создан на основе герба и утвержден Решением Совета депутатов Нестеровского городского округа от 25 августа 2005 года № 38 "Об утверждении Положения о флаге муниципального образования "Нестеровский городской округ" [в тексте Положения одновременно говорится и о "Нестеровском районе" и о "Нестеровском городском округе", что по идее взаимоисключающие понятия...].

1.3. Флаг муниципального образования "Нестеровский район" представляет собой:
"Прямоугольное полотнище, разделенное по горизонтали на белый и зеленый цвета, с соотношением сторон 2:3, и воспроизводящее в центре композицию гербового щита района".
Габаритная высота изображения составляет не более 3/4 от ширины полотнища (расстояние до ножек стола и до основания зубцов ворот составляет 1/8 от края полотнища). Символика флага района воспроизводит символику герба района.

Рисунок взят с сайта Администрации Нестерова

По данным В. Маркова флаг Нестеровского района (!) утверждён Решением Нестеровского районного Совета депутатов № 18 от 12 мая 2005 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2008 в октябре 2005 года.