По рекомендации краевой геральдической комиссии художник И.Л.Проститов подготовил проект флага муниципального образования. Он был утверждён решением Совета депутатов Незлобненского сельсовета 17 июня 2003 года. Описание флага Незлобненского сельсовета:

"Голубое полотнище, вдоль верхнего края которого в 1/3 ширины - белая стенозубчатая о трёх зубцах полоса с двумя красными перекрещенными клинками в крыже. Под ними двва вертикально расположенных жёлтых колоса".

Стенозубчатая глава и клинки символизировали казачье прошлое станицы, хлебные колосья - два населённых пункта: ст.Незлобная и пос.Приэтокский - и их аграрная ориентация.

Использованы материалы книги Н.А.Охонько "Символы малой Родины".