Флаг сельского поселения Николаевское Утвержден решением №2 от 7 августа 2007 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №3625. Описание флага:

"Полотнище соотношением сторон 2:3, разделенное восходящей изогнутой линией на равные голубую и желтую части и несущее у древка красную полосу в 1/6 длины полотнища; поверх границы полосы расположено бело-желтое изображение меча; голубая часть полотнища несет желтое изображение цветка подсолнуха; меч и цветок воспроизведены с черными контурами.

Обоснование символики:
Флаг составлен на основе герба Николаевского сельского поселения.
Флаг языком символов и аллегорий отражает исторические, географические и экономические особенности Николаевского сельского поселения.
Николаевское сельское поселение расположено на берегу Ейского лимана, что аллегорически показано лазоревым (синим, голубым) цветом.
Жёлтый цвет – символизирует богатство и показывает основное направление сельскохозяйственной деятельности населения – зерновое растениеводство (хлеб).
Подсолнечник символизирует богатую солнцем и дарами Кубанскую землю.
Червленый (красный) цвет поля – символ труда, силы, мужества и красоты.
Лазурь (синий, голубой) – символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели.
Куполообразное деление (понижено волнисто скошенном слева) щита – аллегорически указывает на храм-часовню Святителя Николая Чудотворца в селе Николаевка. Его открытие, состоялось 10 декабря 2005 года. Это стало большим событием не только для жителей села и сельского поселения, но и для всего района.
Меч и церковь являются атрибутами Святителя Николая Чудотворца, и меч помещен в гербе как его символ, а церковь обозначена условно, делением поля.
Меч также символизирует отвагу всех защитников Родины легших смертью храбрых на полях всех освободительных войн.
Авторская группа:
Идея герба: М. Шарунов (Краснодар), В. Нагаевский (Тихорецк);
Компьютерный дизайн: М. Шарунов (Краснодар);
Обоснование символики: М. Шарунов (Краснодар), В. Нагаевский (Тихорецк)".

Материалы предоставлены "Вексиллографии" А.Данильченко (г.Майкоп)