Флаг Николаевска-на-Амуре утвержден решением Николаевского-на-Амуре городского Собрания депутатов №145 от 12 августа 2003 года. Разработчики флага:
- автор флага: Григоревский Василий Николаевич (г.Николаевск-на-Амуре);
- компьютерный дизайн: Присяжнюк Михаил Николаевич (г.Николаевск-на-Амуре)

"Флаг города и района представляет собой прямоугольное полотнище, разделенное на 3 горизонтальные равновеликие полосы: верхней синего, средней зеленого, нижней - белого цветов и красной полосы, горизонтально проходящей через центр полотнища, ширина которой составляет 1/5 ширины одной из полос. Парадный вариант дополнен элементом герба муниципального образования "Город Николаевск-на-Амуре и Николаевский район" - две перекрещенные кирки и лопата, которые помещены в левом верхнем углу (у древка). Отношение ширины флага к его длине 2:3. Полотнище флага города и района выполнено с использованием трех геральдических и цвета одного благородного металла, которые обозначают:
синий (лазурь) - символ постоянства и преданности, правосудия и совершенства, чести и добродетели. В данном случае символизирует ясное синее небо.
зеленый (зелень) - цвет надежды, радости, изобилия. Символизирует уникальную флору и фауну нашего района, "бескрайнее море тайги".
белый (серебро) - символ чистоты, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества. В палитре флага он отражает серебристые воды Амура. красный - символ мужества и храбрости. В данном случае символизирует трагический, мужественный, противоречивый и переломный в истории г.Николаевска-на-Амуре год.
Эталон флага "Город Николаевск-на-Амуре и Николаевский район" выполнен из ткани".

Информация сайта муниципального образования "город Николаевск-на-Амуре и Николаевский район"

Новый флаг Николаевского муниципального района утверждён Решением Собрания депутатов Николаевского муниципального района от 28 декабря 2005 года № 96 "О принятии положения о флаге Николаевского муниципального района". В феврале 2006 года флаг Николаевского района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №2119. Описание флага:

"Флаг района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее цветовое деление щита герба Николаевского муниципального района. Состоит из трёх горизонтальных полос сложной формы. Верхняя полоса — синего цвета, представляет собой неправильный пятиугольник с двумя прямыми углами, сторонами которых являются стороны полосы, прилегающей к сторонам полотнища, и вершиной, расположенной в центре полотнища; ширина полосы у края полотнища 1/2 ширины полотнища, в центре — 3/4 ширины полотнища. В центре синей полосы — фигура герба Николаевского муниципального района — летящий к древку орёл, выполненный чёрным, белым, жёлтым и красным цветами; размах крыльев орла составляет 1/3 длины полотнища. Средняя полоса — зелёного цвета, нижняя полоса — белого цвета с волнистым верхним краем, максимальной шириной в 1/5 ширины полотнища".
Обоснование символики
Главной фигурой флага является геральдический орёл — символ высоты духа, аллегорически показывает редчайшую птицу орлан, местом обитания которого является устье Амура и Охотского побережья. Одновременно орёл символизирует храбрость, веру, победу, величие и власть, а его направление полёта и распростёртые крылья — стремление вперёд, в будущее, способность человека преодолевать трудности. Его червлёные (красный цвет) глаза обозначают мужество и храбрость, а золотой (жёлтый цвет) клюв означает силу, здоровье, верховенство и величие.
Чёрный цвет в геральдике — символ благоразумия, мудрости, вечности.
Жёлтый цвет (золото) — символ прочности, богатства, величия, интеллекта и прозрения.
Горные склоны (зелёный цвет) отражают природно-климатические особенности района и аллегорически показывают мыс Пронге и мыс Табах. Зелёный цвет — символ надежды, изобилия, обновления жизни.
Белая волнистая полоса символизирует воды Амурского лимана и Охотского моря. Белый цвет (серебро) — символ чистоты, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
Синий цвет (лазурь) — цвет ясного неба, символизирует постоянство и преданность, правосудие и совершенство, честь и добродетель".