Флаг Новоахпердинского СП утвержден решением Собрания депутатов Новоахпердинского сельского поселения от 14 февраля 2018 года № 2 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11857. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Новоахпердинского сельского поселения, выполненные в зеленом, красном и желтом цвете".
Обоснование символики флага Новоахпердинского сельского поселения.
Флаг Новоахпердинского сельского поселения на основе герба Новоахпердинского сельского поселения и повторяет его символику, которая языком символов и аллегорий многозначно раскрывает его особенности.
Новоахпердинского сельское поселение состоит из трех населенных пунктов: села Новое Ахпердино (центр поселения), деревень Старое Котяково и Татмыш-Югелево, аллегорически показанные тремя дубовыми листами с тремя же желудями, воедино соединенные, символизируя неразрывную историческую связь и общую жизнедеятельность.
Дуб - символ мощи, силы, вечности, спокойствия.
Первое упоминание о деревне Новое Ахпердино относится к 1747 году. Зубчатая часть главы и казачья шашка напоминают о том, что в старину среди жителей были полковые казаки, состоявшие на сторожевой службе при Карлинской засечной черте.
Применённые во флаге цвета символизируют:
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Золото (желтый цвет) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Червлень (красный цвет) - символ мужества, силы, труда, красоты.
Авторская группа:
Идея флага, обоснование символики и художник: Мидхат Шакиров (д.Долгий Остров).
Компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).
Геральдическая консультация: Константин Моченов (Химки)

По материалам сайта Союза геральдистов России