До 2012 года Новофедоровское с.п. входило в состав Наро-Фоминского района Московской области. С 1 июля 2012 года вступило в силу Соглашение об изменении границы между субъектами Российской Федерации городом Москвой и Московской областью от 29 ноября 2011 года. К Москве отошли 2 городских округа и 19 городских и сельских поселений на юго-западе Московской области. В том числе и Новофедоровское сельское поселение.

Флаг муниципального образования "сельское поселение Новофедоровское" утверждён решением Совета депутатов сельского поселения Новофедоровское от 26 октября 2007 года № 28/4 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №3598. Описание флага:

"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 несущее фигуры герба: белую диагональную нисходящую волнистую полосу (габаритная ширина полосы 2/15 ширины полотнища) и поверх неё в середине полотнища изображение архангела Михаила, выполненное желтым, оранжевым и телесным цветом".

Обоснование символики флага Новофедоровского СП Наро-Фоминского МР.
Флаг разработан на основе герба сельского поселения.
Новофедоровское сельское поселение расположено на древней земле Подмосковья. Здесь издавна жили люди, которые созидали, защищали и приумножали славу Российского государства. Об этом говорит композиция герба.
Фигура Архангела Михаила символизирует духовное наследие, оберегаемое местными жителями. На территории поселения находится известная в нашей стране и за ее пределами Зосимова Троице-Одигитревская пустынь. Основанная в 1826 году старцем преподобным Зосимой, она стала одним из центров духовности и культуры, а сейчас является и памятником церковной монастырской архитектуры. Сейчас монастырь возрожден; найден и обустроен колодец-источник, созданный преподобным Зосимой и известный еще в XIX столетии чудесами исцеления.
Во второй половине XVII столетия в деревне Белоусово был построен храм, освященный в честь Михаила Архангела и ставший местной почитаемой святыней.
Архангел Михаил в христианской культуре всегда олицетворял смелость, мужество, решительность в борьбе за веру, воина - защитника земли.
Символика белой полосы в гербе сельского поселения многозначна:
- это шоссе Москва-Киев, композиция флага поселения перекликается с гербом Киева, где также изображен архангел Михаил.
- река Пахра, протекающая по территории поселения;
- полоса-дорога это также символ жизненного пути человека.
Желтый цвет (золото) - символ солнечного света, богатства, стабильности, тепла, уважения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Зеленый цвет - символ здоровья, молодости, жизненных сил и роста.
Авторская группа:
идея флага: Ирина Клёпова (Москва), Николай Гунькин (д. Рассудово, Наро-Фоминский р-н), Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва);
обоснование символики: Ирина Клёпова (Москва), Кирилл Переходенко (Конаково)".

Материалы сайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Марковым.

Флаг поселения (уже в составе Москвы) подтверждён Решением Совета депутатов поселения Новофедоровское в городе Москве № 335/47 от 27 апреля 2017 года.

2.1. Описание флага поселения Новофедоровское:
«Прямоугольное зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 воспроизводящее фигуры герба: белую диагональную нисходящую от древка волнистую полосу (габаритная ширина полосы 2/15 ширины полотнища) и поверх неё в середине полотнища изображение архангела Михаила, выполненное жёлтым, оранжевым и телесным цветом».

Информация В. Пермякова