Флаг городского поселения "Новохопёрск" утверждён решением Совета народных депутатов Новохопёрского городского поселения № 5/3 от 19 декабря 2008 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4682. описание Флага:

"Прямоугольное зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее белую волнистую полосу габаритной шириной в 1/4 ширины полотнища, которая расположена по восходящей диагонали и в свою очередь несёт серую надпись «Новый Хоперъ» (прописными буквами, стилизованным «старорусским» шрифтом)».

Обоснование символики флага Новохопёрского городского поселения:
Флаг городского поселения - город Новохоперск разработан на основе исторического герба уездного города Новохоперска, Высочайше утвержденного 16 августа 1781г. (по старому стилю), подлинное описание которого гласит: "Въ верхней части шита гербъ Тамбовскій: на лазуревомъ поле улей и над нимъ три золотыя пчелы; земля зеленая. Въ нижней - река въ зеленом поле, на которой написано "Новый Хоперъ", означающій имя сего города". В 1779 году Новохоперск был передан в Тамбовское наместничество и получил статус уездного города Тамбовского наместничества. Поскольку во время Высочайшего пожалования в 1781 году Новохоперск относился к Тамбовскому наместничеству, в верхней части герба города был изображен герб Тамбовский.
В 1782 году город Новохоперск отошел к Саратовскому наместничеству, а в 1802 году окончательно был присоединен к Воронежской губернии. В 1806 году Александром I был утвержден первый регулярный план города Новохоперска. Город расположен на высоком правом берегу реки Хопёр (приток Дона), в 270 км от Воронежа.
Река Хопер - одна из красивейших и чистых рек Европы. Вдоль этой удивительной и хрустально чистой реки расположена территория заповедника. Река Хопер показана в гербе серебряной перевязью, что отражает уникальные качества ее воды. В 1710 году на месте Пристанского казачьего городка по указу Петра I была заложена Хоперская земляная крепость (названная затем Новой Хоперской), сооружение которой завершилось в 1716 году.
По воле Петра I здесь заложили и спустили на воду 6 боевых судов первой в России Азоской военной флотилии. Всероссийское значение город приобрел в 1768-1777 гг., когда здесь, на корабельной верфи строились корабли, составившие основу первого Черноморского флота. В эти годы здесь бывал адмирал Алексей Наумович Сенявин. Всего на Новохоперской верфи было построено около 30 судов, которые по рекам Хопер, Воронеж и Дон попадали в Азовское море. Изображение реки Хопер в гербе напоминает нам и об этих исторических событиях.
Серебро - символ чистоты родниковой воды, искренности, совершенства, мира и взаимопонимания.
Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.
Авторская группа:
реконструкция флага: Константин Фёдорович Мочёнов (г. Химки); Михаил Юрьевич Медведев (Санкт-Петербург);
обоснование символики: Юрий Владимирович Коржик (г. Воронеж);
художник и компьютерный дизайн: Галина Анатольевна Русанова (г. Москва).

По сообщению А.Юрасова (г.Воронеж). Текст решения прислан В. Пермяковым.