Флаг Новомальтинского МО утверждён Решением Думы сельского поселения Новомальтинского МО от 31 октября 2016 года № 158 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11133.

2.1. Описание флага Новомальтинского муниципального образования:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3,несущее фигуры из герба Новомальтинского муниципального образования, выполненные зелёным, жёлтым, оранжевым и белым цветом».
...
2.3.Обоснование символики флага Новомальтинского муниципального образования.
Новомальтинское муниципальное образование, состоящее из двух населенных пунктовпоселка Новомальтинск и деревни Бадай, расположено на берегах реки Белой, впадающей в Ангару. Первое упоминание о старейшем поселении Бадай связано со строительствомИркутского Вознесенского мужского монастыря, который был построен в 1672 году. По данным архива Иркутского Государственного Университета, крестьяне Бадая поставляли в строящийся монастырь города Иркутска кроме «съестных» товаров и самодельный сырцовый кирпич.
Начало образования посёлка Новомальтинск связано со строительством в 1878 году завода шамотного (огнеупорного) кирпича.
Помимо развития промышленного выпуска кирпича и минераловаты, в поселении большое внимание уделяется и развитию сельского хозяйства, обеспечивающего продуктами всё население муниципального образования.
Символика флага Новомальтинского муниципального образования многозначна.
Зелёные части полотнища со снопом - символ развитого сельского хозяйства поселения.
Сноп - символ урожая, единства, преобразования.
Стеновидные части полотнища - символизируют кирпичное производство, начатого со строительства монастыря и значительно расширенного в настоящее время для обеспечения новостроек Иркутской области и всего БАМа.
Стена - символ надёжности, защиты, противостояния.
Серебряный столб - аллегория реки Белой, протекающей по территории поселения.
Зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
2.4. Авторская группа.
Идея: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Материалы сайта Союза геральдистов России, текст документа предоставлен В. Пермяковым