В прошлом на месте Новомосковска был поселок Бобрики, некоторое время город именовался Сталиногорск.

Флаг Новомосковска утвержден Решением Муниципального Совета №11-1 27 мая 2002 года. Приложением 1 к вышеназванному решению является Положение о флаге, согласно которому:

"2. Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине равным 2 : 3 , несущее фигуры герба муниципального образования - город Новомосковск и Новомосковский район в желтом, белом и зеленом цветах. Изображение флага в приложении N 2.
Символика флага воспроизводит символику герба муниципального образования - г. Новомосковск и Новомосковский район".

Автор герба - художник М.Шелковенко

Материалы официального сайта Администрации Новомосковска и Новомосковского района

Решением Собрания представителей МО Новомосковский район от 13.07.2006 №19-7 текст Положения о флаге (2002 г.) был несколько подредактирован. Описание флага приобрело вид: "Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине равным 2:3, несущее фигуры герба муниципального образования Новомосковский район в желтом, белом и зеленом цветах. Изображение флага в приложении № 2".

Решением Собрания депутатов муниципального образования город Новомосковск от 24 июля 2009 года № 25-17 утверждено новое Положение о флаге муниципального образования город Новомосковск. Описание флага в тексте Положения:

"3. Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине равным 2:3 , несущее фигуры герба муниципального образования город Новомосковск в желтом, белом и зеленом цветах. Изображение флага в приложении к Положению".