Первый флаг района утверждён Решением Новониколаевской районной думы от 31 марта 2006 года № 8-РД "О флаге Новониколаевского муниципального района..." (принято Новониколаевской районной Думой 28 марта 2006 года).

"Флаг района представляет собой прямоугольное полотнище в пропорциях 2 : 3; левая часть которого разделена по вертикали на 4 полосы, три из которых одинаковые по ширине, 4-я — шириной в 7 раз больше: первая полоса — красного цвета; вторая полоса — голубого цвета; третья полоса — белого цвета (символ российского флага); четвёртая полоса — красного цвета, в центре которой изображён прямоугольный геральдический щит французской формы. Щит рассечён на 3 части: красного, голубого, белого цвета. В центре щита изображён подсолнечник, в середине которого изображение Родины-матери. Ниже подсолнечника изображение колоса и камышинки. Вертикальные полосы красного, голубого, белого цвета — флаг Российской Федерации".

Источник информации - "Википедия", ст. "флаг Новониколаевского района", ред. В.Пермяков

По информации В. Маркова флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2306 в мае 2006 года. Видимо, внесена все же версия, которая утверждена 30.06.2006 г. (т.е. номер в регистре "забронирован" в мае с условием выполнения исправлений в документации, что и было сделано в июне).

Новый флаг района утверждён Решением Новониколаевской районной Думы от 30 июня 2006 года № 24-РД "О внесении изменений в Решение Новониколаевской районной Думы от 31.03.2006 № 8-РД "О флаге Новониколаевского муниципального района Волгоградской области". (принято Новониколаевской районной Думой 6 июня 2006 года).

"Флаг района представляет собой прямоугольное полотнище в пропорциях 2 ? 3; левая часть которого разделена по вертикали на 4 полосы, три из которых одинаковые по ширине, 4-я — шириной в 7 раз больше: первая полоса — красного цвета; вторая полоса — голубого цвета; третья полоса — белого цвета (символ российского флага); четвёртая полоса — красного цвета, в центре которой изображён прямоугольный геральдический щит французской формы. Щит рассечён на 3 части: красного, голубого, белого цвета. В центре щита изображён подсолнечник, в середине которого изображение Родины-матери. Ниже подсолнечника изображение колоса и камышинки. Вертикальные полосы красного, голубого, белого цвета — флаг Российской Федерации".

Обоснование символики
Главная фигура флага — цветок подсолнуха указывает на сельскохозяйственную направленность района.
Подсолнух — символ солнечного света, тепла, достатка.
Сегодня Новониколаевский район — один из самых стабильных районов области, что на флаге подчёркнуто жёлтым (золотым) колосом. Золото в геральдике символизирует урожай, богатство, стабильность, интеллект, уважение.
Деление полотнища символизирует природные особенности района — степные просторы, на которых находится множество озёр, зеркальная гладь которых показана голубым цветом.
Стебель рогоза (камыша) усиливает природную символику флага, указывая на неповторимую красоту и богатства местной природы.
Белый цвет (серебро) — символ благородства, чистоты, великодушия.
Красный цвет символизирует мужество, труд, праздник, красоту.
Голубой цвет — символ возвышенных устремлений, мышления, искренности и добродетели.
Чёрный цвет — символ мудрости, скромности, вечности".

По сообщению А.Юрасова. Текст документа из архива В. Маркова