10 сентября 1999 года был утверждён флаг Новороссийска. Первый раз новый флаг был поднят на День города. На белом полотнище, вверху у древка, изображался городской герб, вдоль нижней кромки изображались синие волны.

По рекомендации Геральдического Совета при президенте РФ флаг Новороссийска был изменён (принят гербовый флаг): Решением Городской Думы муниципального образования город Новороссийск от 24 июля 2007 года № 439 "О флаге муниципального образования город Новороссийск" было утверждено Положение о флаге Новороссийска и рисунок флага. Согласно тексту Положения:

"Описание флага
2.1 Флаг представляет собой двустороннее прямоугольное желтое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края черную волнообразную полосу в 1/5 ширины полотнища с восемью видимыми гребнями. В крыже изображен орел из Герба города, выполненный черным, красным и белым цветом. Габаритная ширина фигуры составляет 1/3 длины полотнища.

Черная полоса символизирует расположение города на побережье Черного моря. Флаг Новороссийска внесен в Государственный геральдический регистр под №3490.

Рисунки предоставлены Михаилом Шаруновым (г.Краснодар); текст положения прислан М.Ревнивцевым (г.Энгельс) со ссылкой на справочную правовую систему "Гарант".