Флаг Новотроицка принят 26 октября 2002 года в результате проведенного городской администрацией конкурса на разработку эскиза флага. Победителем конкурса стала Нелли Проскуровская.

Флаг представляет собой "прямоугольное полотнище красного цвета, на которое последовательно наложены меньшие по размеру синий и белый прямоугольники. Красный цвет символизирует силу и энергию, синий - веру, верность и правду, белый - мир, свободу и величие. В верхнем левом углу флага изображен герб города".

Официальным рисунком флага "Вексиллография" пока не располагает. Приведенное здесь изображение реконструировано по малоформатной фотографии, в изображении герба на флаге возможны ошибки.

В тексте использованы материалы газеты "Оренбуржье"

Позднее с помощью Союза геральдистов России был принят новый флаг, соответствующий гербу Новотроицка.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №1196.