Флаг Новотаманского сельского поселения утвержден решением Совета Новотаманского сельского поселения от 30 июня 2006 года №50 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 5057. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из семи клиньев, сходящихся вершинами в центре, а основаниями примыкающих к краям полотнища: к древку и свободному краю клинья - синие и желтые (каждый в 1/8 полотнища), к верхнему краю - желтый и белый (каждый в 1/8 полотнища), к нижнему краю - зеленый (в 1/4 полотнища); в центре полотнища поверх вершин клиньев изображен белый наклонно развернутый квадрат с гранями в 1/6 длины полотнища".

Обоснование символики флага Новотаманского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба сельского поселения.
Территория Новотаманского сельского поселения является неотъемлемой частью "Большой Тамани": ее природы, истории, культуры. Прибрежные территории, изрезанные многочисленными удобными бухтами, заливами, лиманами; благоприятный климат сыграли огромную роль в освоении и развитии этих земель человеком. Композиция флага, состоящая из клиньев зеленого, синего цветов, желтого (золота) и белого (серебра) аллегорически отражает особенности местной природы: зеленые плодородные склоны холмов, золотой песок пляжей и золото полей, приносящих щедрые урожаи; теплые синие воды лиманов и заливов; чистый, морской воздух.
Символика флага многозначна и помимо природных особенностей образно отражает периоды исторического пути Новотаманского поселения. Здесь учеными были обнаружены остатки первобытных стоянок, следы античных, хазарских, древнерусских поселений. Новотаманские земли в разные эпохи управлялись половцами, генуэзцами, турками. В 1792 году на таманском полуострове навсегда поселились запорожцы для охраны русских рубежей.
Белый квадрат-кристалл символизирует соль. На территории сельского поселения располагается озеро Соленое, в котором до середины XX столетия производилась добыча соли. Сейчас озеро является одной из достопримечательностей поселения. Летней порой озеро пересыхает и покрывается коркой белых кристалликов поваренной соли. В это время озеро можно перейти посуху. Под слоем соли залегает неглубокий, около полуметра, пласт лечебной грязи. Эта грязь успешно используется в санаториях Анапы и Геленджика и приносит значительное облегчение людям, страдающим болями в суставах.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, солнечного тепла, энергии, уважения.
Зеленый цвет - символ молодости, жизненной силы, природы.
Синий цвет - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений. Синий цвет также символ чистого, бескрайнего неба и морских просторов.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Фефелова (Балашиха);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково)".

По материалам сайта Союза геральдистов России