В 2003 году администрация и городской совет Обнинска организовали разработку нового герба и флага города. Чуть ранее администрация проводила конкурс на лучший проект герба (конкурс курировала главный архитектор города О.В.Ашварина). Флаг города голубого цвета, в центре символическое изображение атома в лавровом венке. Вдоль нижней кромки три белые волнистые линии. Три волнистые линии символизируют реку Протву, а также Центр по подготовке экипажей атомного подводного флота. Атом символизирует первую в мире Атомную электростанцию, построенную в Обнинске. Гордость жителей города своей выражает и лавровый венок - символ славы, величия, первенства.

Информация М.В.Ревнивцева со ссылкой на Пресс-службу Администрации города Обнинска

Флаг города утверждён Решение Обнинского городского Собрания от 29 июня 2005 года №11-36 "Об утверждении Положения "О флаге г. Обнинска Калужской области" (с изменениями от 11 мая 2006 г., 27 сентября 2011 г.) [внесены Решением 07-20 от 11 мая 2006 года]. Согласно тексту Положения о флаге:

"Статья 1. Описание флага города Обнинска Калужской области
1. Флаг города Обнинска Калужской области (в дальнейшем именуется - Флаг) является официальным символом города Обнинска.
2. Флаг представляет собой прямоугольное полотнище синего цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры Герба города Обнинска белым цветом.
3. Цветной рисунок Флага помещен в приложении к настоящему Положению.
4. Экземпляры и изображения Флага должны соответствовать его описанию и основным характеристикам рисунка".

Флаг Обнинска внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1970 в октябре 2005 года.

Решением Обнинского городского собрания №10-24 от 27 сентября 2011 года в Положение о флаге внесены очередные изменения, не касающиеся, впрочем, внешнего вида флага.