Флаг Малой Охты несколько подправлен Решением Муниципального совета МО Малая Охта от 15 февраля 2019 года № 05.

1.1. Описание флага внутригородского муниципального образования Санкт-Петербурга муниципальный округ Малая Охта (далее – флаг):
Прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине - 2:3, воспроизводящее композицию герба внутригородского муниципального образования Санкт-Петербурга Муниципальный округ Малая Охта в синем и белом цветах.
...

1.2. Обоснование символики герба:
Лазоревый (синий, голубой) – месторасположение муниципального округа Малой Охты на правом берегу реки Невы, в самом устье реки Охта.
Обращенная серебряная ладья со спущенным парусом и с восьмью выступающими над бортом серебряными щитами - напоминание о важном значении кораблестроения в истории округа.
Серебро - чистота помыслов, духовность.

По информации В. Пермякова