Село Оймякон является центром муниципального образования, которое до 2012 года именовалось "Борогонский 1-й наслег" (сельское поселение). В состав поселения входят села: Хара-Тумул, Берег-Юрдя, Оймякон. В 2012 года наслег переименован в муниципальное образование "Оймякон Полюс Холода", соответствующие изменения внесены в Устав в 2012 году.

Флаг МО "Оймякон Полюс Холода" утвержден решением наслежного Совета депутатов от от 6 февраля 2018 года № 04. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11815. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Оймякон Полюс Холода» в синем, зеленом, белом, желтом и черном цветах".

"Обоснование символики герба
Голова Быка Холода со снежинкой на рогах и в завитках стужи указывают на принадлежность Оймякона к Полюсу Холода.
Пики гор указывают на природную особенность - Оймяконскую впадину, одно из самых суровых мест на Земле.Коновязи - сэргэ являются символами древа жизни, коневодства и единения, указывают на слияние трех поселений – Оймякона, Берег-Юрдя и Хара-Тумула.
Зеленый цвет означает девственно чистую, прекрасную природу.

По информации В. Маркова