Флаг Ольхонского района утвержден Решением Думы Ольхонского районного муниципального образования № 15 от 24 декабря 2014 года.

Флаг Ольхонского районного муниципального образования. Прямоугольное полотнище синего цвета с отношением ширины к длине 2:3, в центре которого смещённый вверх волнистый внизу полукруг (диаметром 3/5 ширины полотнища) жёлтого цвета, на котором летящий с распростёртыми крыльями к древку орёл красного цвета с клювом красного цвета с головой, хвостом и лапами белого цвета; ниже полукруга головами к древку три рыбы белого цвета с глазами, плавниками и хвостами жёлтого цвета: одна ниже двух других.
Обоснование символики:
Флаг разработан на основе герба района, который языком символов и аллегорий отражает природные, исторические, национальные и культурные особенности Ольхонского района.

По материалам сайта Ольхонской территориальной избирательной комиссии. Текст документа предоставлен В. Пермяковым

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 10077.