Флаг Олонецкого национального района утверждён Решением Совета Олонецкого национального МР от 24 апреля 2013 года № 22. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8403. Разработку флага на основе исторического герба Олонца выполнил авторский коллектив в составе: Башкирова Константина Сергеевича, Карпуниной Виктории Валерьевны, Штейнбах Светланы Юрьевны. Описание флага:

"ФЛАГ представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине- 2:3, воспроизводящее композицию герба Олонецкого национального муниципального района в желтом , синем, черном и телесном цветах".

Для справки приведем описание и толкование герба из Положения о гербе:

2.1. Геральдическое описание ГЕРБА:
"В золотом поле, выходящая вправо из повышенного, возникающего слева лазоревого (синего, голубого) облака рука, держащая видимый изнутри овальный лазоревый щит и сопровождаемая внизу четырьмя черными ядрами, соединенными попарно черными цепями накрест. Щит увенчан муниципальной короной установленного образца".
Стороны в ГЕРБЕ определяются от лица, держащего щит.
2.2. Толкование символики ГЕРБА
Герб Олонецкого национального муниципального района создан на основе герба Олонецкой губернии.
Герб Олонецкой губернии был высочайше утвержден 5 июля 1878 г.: “В золотом щите выходящая с левого бока, из лазуревого облака рука, внутрь обращенная держащая, лазуревый овальный щит, и сопровождаемая внизу четырьмя черными ядрами, соединенными таковым же, из цепей, косвенным крестом…”
Герб напоминает о хорошо организованной после Петра I обороне наших древних северных земель от нападения чужеземных захватчиков (Сперансов Н. Н. Земельные гербы России. М. 1974. С. 52). Таким образом, рука со щитом символизировала роль Олонца в оборонительном строительстве.
Четыре черных ядра, соединенные попарно черными цепями накрест. (книппеля) указывают на Олонец как на важный центр флотского строительства, включая заготовку корабельных лесов, строительство судов, производство орудий, снарядов для кораблей.
Лазурь (синий, голубой)- символ красоты, любви, мира, возвышенных устремлений.
Чернь (черный)- символ благоразумия, мудрости, скромности, честности, древности и вечности бытия.
Золото - могущество, сила, постоянство, знатность, справедливость, верность, солнечный свет".

По сообщению В. Пермякова