Сельское поселение существовало до 2017 года, когда все муниципальные образования Истринского муниципального района были объединены в городской округ Истра.

Флаг Онуфриевского утвержден решением Совета депутатов сельского поселения Онуфриевское от 3 марта 2011 года № 5/15 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7168. Описание флага:

"Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, два нижних угла которого выделены в виде двух симметричных, соприкасающихся внизу желтых треугольников в 1/8 полотнища каждый; полотнище несет посередине изображение фигур из герба поселения: желтую церковную главку, над ней, вплотную к верхнему краю, показанное наполовину желтое стилизованное солнце, а под главкой, между треугольниками - три узкие горизонтальные белые волнистые полосы".
Обоснование символики флага сельского поселения Онуфриевское.
Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические и природно-географические особенности сельского поселения Онуфриевское.
Центр муниципального образования - село Онуфриево имеет многовековую историю. Первоначально здесь была расположена православная обитель во имя преподобного Онуфрия Великого - Онуфриев монастырь, вокруг которого со временем выросла слобода ставшая впоследствии селом.
Успенский Онуфриевский мужской монастырь, что на Тростенском озере впервые письменно упоминается в межевой грамоте Великого князя Ивана Васильевича 1504 года. Сохранилось описание монастыря 1649 года: "Онофреев монастырь от Москвы 60 верст, стоит на озере, а в том монастыре церковь, и трапеза, и колокольня, и поварня, и хлебня, и покои каменные, и земли, и угодей не мало, и рыбная ловля в том озере есть, да подмонастырская слободка 20 дворов". В XVII веке существовала прямая дорога из Москвы до монастыря.
Некогда известный монастырь со временем пришел в упадок, и до наших дней, к сожалению, не сохранился. Однако память о нем осталась не только в исторических документах, но и в названии села - Онуфриево. На флаге желтый (золотой) купол храма символизирует важное значение монастыря в истории сельского поселения.
Волнистые полосы символизирует Тростенское озеро, рядом с которым расположено Онуфриево. Несмотря на то, что само озеро расположено в соседнем Рузском районе, история села тесно связана с ним. Желтые края - берега образно указывают на ледниковое происхождение озера, расположенного между холмами Клинско-Дмитровской гряды.
Выходящее сияющее солнце символизирует неразрывную историческую связь сельского поселения Онуфриевское с Истринским районом: солнце - фигура герба Истринского муниципального района.
Голубой цвет - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Желтый цвет (золото) - символ величия, богатства, стабильности, жизненной энергии
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки), Сергей Янов (Малаховка), Вячеслав Мишин (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

После протеста прокурора решением Совета депутатов сельского поселения Онуфриевское от 22 марта 2012 года № 2/24 в Положение о флаге (2011 г.) внесены изменения. Но ни внешний вид, ни описание флага изменены не были.

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России. Текст документа - из архива В. Маркова