Флаг Панинского района утвержден решением Совета народных депутатов от 4 мая 2006 год №33. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 2312 и в регистр геральдической комиссии при губернаторе Воронежской области под № 29. Описание флага:

"Флаг Панинского муниципального района представляет собой прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее смещённые к древку фигуры герба района: жёлтый сноп, продетый в графскую корону и под ним чёрный, бьющий хвостом кит".

Обоснование символики флага Панинского муниципального района:
Флаг района разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, природные и экономические особенности Панинского района.
Панинский район расположен в северо-восточной части Воронежской области. Административный центр - рабочий поселок Панино - получил название по владелице этих земель графине Паниной, что отражено на флаге графской короной и китом - основным элементом родового герба Паниных. С Панинским районом связаны имена графини Паниной Софьи Владимировны - крупной благотворительницы и товарища (помощника) министра социального призрения во Временном правительстве, и Панина Виктора Никитовича - министра юстиции в 1841-1861 гг., автора идеи государственного межевания.
Символика кита на флаге многозначна.
Кит - символ мощи, значительности, важного, первоосновы, символ колоссального в природе. Район знаменит образцовым черноземом. В 1890 году на территории Панинского района в качестве эталона российского чернозема был отобран почвенный монолит размером 7х2х1 метр, который долгое время находился во французском городе Севр в Международном бюро мер и весов. Остатки этого монолита, за свои размеры получившего название "Монстр", находятся в одном из парижских музеев. Черный геральдический кит, аллегорически показывающий в гербе этот огромный монолит чернозема, символизирует знаменитые панинские черноземы, являющиеся основой устойчивого развития сельского хозяйства района.
Основа экономики района - сельское хозяйство, что отражено на флаге снопом. Здесь не только выращивают различные виды зерновых и технических культур, но и развиты предприятия переработки. Сноп - традиционный символ плодородия, дружбы, общности интересов.
Жёлтый цвет (золото) - это цвет солнца, скрытых сокровищ и богатства, эликсира жизни, символизирует богатство, величие, уважение, великолепие.
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия.
Красный цвет - символ мужества, силы, труда и красоты.
Авторская группа:
идея герба: Константин Фёдорович Мочёнов (г. Химки);
обоснование символики: Юрий Владимирович Коржик (г. Воронеж);
компьютерный дизайн: Оксана Григорьевна Афанасьева (г. Москва).

Использовано сообщение А.Н.Юрасова, а также материалы сайта Союза геральдистов России. Фото свидетельства - от А. Юрасова