Флаг городского поселения Печенга утверждён Решением Совета депутатов МО ГП Печенга от 10 марта 2011 года № 88 "О флаге городского поселения Печенга Печенгского района Мурманской области". Согласно тексту Положения о флаге:

"Описание флага городского поселения Печенга:
«Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с голубой полосой вдоль нижнего края (шириной в 2/9 ширины полотнища), по середине полосы изображена желтая треска, в красной части – часовня из герба поселения выполненная белым и желтым цветом и сопровожденная вверху желтым стилизованным северным сиянием».
...
Обоснование символики флага городского поселения Печенга.
Флаг разработан на основе герба городского поселения Печенга.
Впервые Печенга упоминается в связи с миссионерской деятельностью преподобного Трифона Печенгского. В 1532-1533 годах, по благословению Новгородского архиепископа Макария, преподобный Трифон Печенгский построил православный храм и основал на реке Печенге монастырь во имя Святой Троицы, для обращения местных жителей в православную веру.
Изображение часовни символизирует особую роль Трифоно Печенского монастыря в освоении северных земель и распространении православной культуры.
Северное сияние символизирует то, что поселение находится за полярным кругом.
Желтое (золотое) северное сияние над часовней – аллегория монастыря, долго бывшего самым северным в мире.
Голубая полоса с рыбой (треской) символизирует основной промысел местного населения – рыбную ловлю. Рыболовство и рыбоводство играет значительную роль в экономике муниципального образования.
Желтый цвет (золото) – символ богатства, стабильности, уважения, интеллекта.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Красный цвет – символ труда, силы, мужества, красоты, праздника
Голубой цвет – символ чести, благородства, духовности; цвет водных просторов и бескрайнего неба.
Авторская группа:
идея герба: Затона Э.В., Вейсман С.С.;
художник и компьютерный дизайн: Сторожук О.И.;
обоснование символики: Переходенко К.

По сообщению В.Маркова со ссылкой на официальный сайт г.п. Печенга

Флаг Печенги внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №6770.