Флаг муниципального образования "Пениковское сельское поселение" утвержден Решением Совета депутатов Пениковского сельского поселения №37 от 30 июня 2010 года. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине - 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования в красном, синем и желтом цветах".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №6291.

Материалы геральдического архива В.Маркова cо ссылкой на информацию от К.Башкирова (г.Санкт-Петербург).