Флаг сельского поселения Подгорносинюхинское утвержден решением № 35/2 Совета Подгорносинюхинского сельского поселения Отрадненского района от 21 мая 2015 года и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 10466.

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Подгорносинюхинского сельского поселения Отрадненского района в жёлтом, зеленом, синем, белом, красном и чёрном цветах".
Обоснование символики герба и флага.
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Подгорносинюхинское сельское поселение расположено в предгорьях Кавказского хребта, на что аллегорически указывает зелёная гора о двух вершинах.
Зеленый цвет – символ плодородия, природного изобилия, спокойствия, здоровья и вечного обновления.
Лазоревая (синяя, голубая) волнистая полоса аллегорически указывает на реки, протекающие через земли сельского поселения.
Цветок синюхи, обильно произрастающий вдоль берегов рек поселения, отражён в их наименовании – Спокойная Синюха и Малая Синюха, а также в названии станиц Спокойная Синюха и Подгорная Синюха.
Изображение цветков синюхи под зелёной горой аллегорически указывает на наименование сельского поселения Подгорносинюхинское.
Лазоревый (синий, голубой) цвет символизирует безупречность, добродетель, возвышенные устремления, волю, чистое небо.
Цветок горицвета – единый элемент гербов сельских поселений Отрадненского района. Изображение цветка горицвета говорит о множестве редких растений, произрастающих на землях сельского поселения и района.
Червлёный (красный) цвет – символ красоты и праздника.
Золото (жёлтый цвет) – символ величия, процветания, прочности, достатка. Золото (жёлтый цвет) аллегорически указывает на хлебные поля, являющиеся основой экономического развития хозяйств поселения, а также говорит о славе и заслугах жителей сельского поселения.
Авторская группа:
идея герба и изображение В. Нагаевский (Тихорецк);
обоснование символики: В. Нагаевский и Н. Нагаевская (Тихорецк).

Материалы предоставлены "Геральдикуму" М.Шаруновым. Текст документа от В. Пермякова