Флаг МО городское поселение Пионерский утвержден решением Совета депутатов городского поселения Пионерский от 29 января 2016 года № 144 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10806. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище зелёного цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее фигуры из герба городского поселения Пионерский, выполненные голубым, красным и жёлтым цветом".
Обоснование символики флага городского поселения Пионерский.
Символика флага городского поселения Пионерский отражает его прошлое и настоящее и потому многозначна
Узкий бело-голубой пояс вверху полотнища - аллегория железной дороги. 10 июня 1962 года от станции Першино Свердловской области до станции Ейтья (сейчас станция Алябьево) отправился первый товарный состав, к концу года - первый пассажирский поезд. Железная дорога способствовала развитию поселка, его жизнеспособности;
Красное опрокинутое остриё - аллегория пионерского галстука, гласно отражает название поселения. Оно связано не с пионерским движением в СССР, а с первоначальным смыслом слова "пионер" - "человек, который одним из первых пришел и поселился в новой неисследованной стране, местности";
Ель символизирует природу, а также то, что посёлок расположен в лесном краю. Ель на флаге городского поселения созвучна такой же ели на флаге Советского района, в состав которого входит. Сам поселок Пионерский создавался на базе Заводоуковского леспромхоза. В настоящее время в посёлке работает предприятие Федеральной службы лесного хозяйства - Пионерский лесхоз и государственное предприятие "Югралесхоз", основным видом деятельности которых является отпуск леса заготовителям, посев и посадка леса;
Белка - символ богатой фауны местных лесов, в которых водятся многие виды пушных зверей. В их числе лисицы, песцы, соболи, горностай, колонок, ласка и др.
Мурованная оконечность полотнища - аллегория кирпичного завода, работающего на местном сырье и являющегося градообразующим предприятием поселения.
Зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства.
Авторская группа:
Идея: Администрация городского поселения Пионерский, Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа от В. Пермякова