Флаг Прилепенского СП утвержден решением земского собрания Прилепенского сельского поселения от 27 сентября 2019 года № 12/25 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12543. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба Прилепенского сельского поселения, выполненные синим, зеленым, черным, белым и желтым цветом. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Прилепенского сельского поселения.
Флаг Прилепенского сельского поселения создан на основе герба Прилепенского сельского поселения и повторяет его символику.
В состав Прилепенского сельского поселения входят четыре населенных пункта: сёла Прилепы, Ковылино, Верхнее Кузькино (Кузькин Верх) и хутор Водяное. История многих из них уходит корнями в глубь веков: деревня (ныне село) Ковылино основана до 1615 года, деревня (ныне село) Прилепы - между 1615 и 1627 годами, а основание деревни (ныне села) Кузькин Верх относится к 1647 году.
Православная традиция на территории Прилепенского сельского поселения ведется с давних времен. В 1867 году на средства прихожан была построена Казанская церковь, при которой работала церковно-приходская школа. Однако во время коллективизации храм закрыли. С 2016 года в селе Прилепы действует Казачий Храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы, в котором находятся более 20 частиц мощей святых. Кроме того, в храме хранится частица Мамврийского дуба - дерева, под которым, согласно Библии, Авраам принимал Бога.
Синяя церковная главка символизирует церковь Покрова Пресвятой Богородицы. Традиционно в православии синий цвет (лазурь) символизирует Деву Марию.
На территории Прилепенского сельского поселения развито овощеводство и растениеводство, проводится праздник капусты. Капуста в гербе сельского поселения перекликается с фигурой на эмблеме бренда Прилепенского сельского поселения "Кузькинская толока".
Капуста - не только символ сельского хозяйства, но и объединения отдельных частей в единое целое, сохранения чистоты и невинности, верности традициям.
В водоёмах, расположенных на территории Прилепенского сельского поселения водятся караси, карпы и многие другие виды рыб, что во флаге символизируют два сообращенных карпа.
Черная вырезанная глава символизирует принадлежность Прилепенского сельского поселения к Чернянскому району, где подобная глава изображена в гербе района и других сельских поселений, тем самым создавая геральдическое единство. Черная глава символизирует также вечную память благодарных потомков героям Великой Отечественной войны, нашедшую отражение в памятнике "Скорбящей матери с воином", установленном в селе Верхнее Кузькино в 1980 году, работы скульптура Александра Григорьевича Саушкина.
Примененные во флаге цвета символизируют:
желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая;
белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения;
зеленый цвет символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду;
черный цвет - символ мудрости, вечности и покоя, а также символ скорби и памяти.

Авторская группа:
идея флага: Сергей Казбанов, Наталья Каверина (оба - с. Верхнее Кузькино), Константин Моченов (г. Химки), с использованием мотива Валентина Пальваль-Кривцова (г. Белгород);
художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (г. Москва);
обоснование символики: Ольга Френкель (г. Москва).

Источник - Союз геральдистов России. Текст документа прислан В. Пермяковым