Положение о флаге Прохладного утверждено Решением № 46/6 от 18 марта 2010 г. "Об утверждении Положения о флаге городского округа Прохладный КБР". Согласно тексту Положения:

"3. Описание и обоснование символики флага города Прохладного
3.1. Описание флага города Прохладного:
"Флаг города Прохладного представляет собой прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с желтыми полосами вдоль краев полотнища в 1/8 длины полотнища, воспроизводящее фигуры герба города: летящего с поднятыми распростертыми крыльями желтого орла, держащего в лапах ветвь акации с распустившимися цветами; под ним белое слияние рек в виде волнистого вилообразного креста с узкими верхними плечами, заполненный внизу зеленым цветом.
3.2. Обоснование символики флаг а города Прохладного.
Изображение символически отражает город как - «ворота Кавказа».
Город Прохладный основан в 1765 году как казачье поселение, расположенное на месте слияния двух рек - Баксана и Малки, изображенных в гербе в виде белого вилообразного креста. Кавказское предгорье показывает орел - символ Кавказа.
Ветвь акации указывает на основное дерево, растущее в данной местности.
Желтый цвет (золото) в геральдике - символ богатства, уважения, постоянства, величия, интеллекта.
Белый цвет (серебро) в геральдике - символ простоты, совершенства, благородства, мира, взаимопонимания.
Зеленый цвет - символ весны, радости, надежды, жизни, природы, а также символ здоровья.
Синий цвет (лазоревый) в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины, красоты природы, добродетели и чистого неба".

Герб внесен в Государственный геральдический регистр под №6033.

По материалам сайта Администрации Прохладного

В первоначальном проекте по сторонам от орла изображались выходящие слева и справа руки в пурпурном одеянии, держащие жёлтые копья. Но в ходе обсуждения от них отказались.