Флаг муниципального образования "Пустомержское сельское поселение" утверждён Решением Совета депутатов муниципального образования «Пустомержское сельское поселение» №1 от 31 января 2011 года. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба в черном и желтом цветах".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6669.

Материалы геральдического архива В.Маркова cо ссылкой на информацию от К.Башкирова (г.Санкт-Петербург).

Решением Совета депутатов МО от 18 июня 2020 года № 61 было утверждено новое Положение о флаге МО Пустомержское СП. Сам флаг при этом не изменился.

Текст документа прислан В. Пермяковым