Флаг муниципального образования "Пустомержское сельское поселение" утверждён Решением Совета депутатов муниципального образования «Пустомержское сельское поселение» №1 от 31 января 2011 года. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба в черном и желтом цветах".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №6669.

Материалы геральдического архива В.Маркова cо ссылкой на информацию от К.Башкирова (г.Санкт-Петербург).