Положение о флаге Пустозерского сельсовета принято Решением Совета депутатов МО "Пустозерский сельсовет" НАО №73 от 28 июня 2006 года. Описание флага сельсовета:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное по диагонали на красную (вверху у древка) и синюю части, в центре которого – фигура из герба муниципального образования «Пустозерский сельсовет» Ненецкого автономного округа (одномачтовый корабль с парусом, флюгером и носовым украшением в виде головы северного оленя) белого цвета".

Обоснование символики флага:

"Трёхцветие флага повторяет цвета флага Российской Федерации. Синий цвет символизирует реку Печору и подчёркивает тот факт, что все три населенных пункта расположены по берегам этой реки, которая является водной артерией. Синий цвет - это ещё и цвет божьего благословения. Красный цвет символизирует мужество, красоту и жизнь. Белый цвет – цвет спокойствия, мира, благородства. Равносторонний треугольник белого цвета символизирует свободу волеизъявления граждан и их равенство. Расположенные на треугольнике буквы «ПС» означают наименование муниципального образования «Пустозерский сельсовет".

Материалы официального сайта МО "Пустозерский сельсовет"

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2498.