Некоторое время город Рыбинск и район составляли т.н. "Рыбинский муниципальный округ". Флаг округа утвержден решением Рыбинского Совета депутатов № 92 от 17 июля 2001 года. (подробнее см. в разделе "Рыбинск").

Флаг Рыбинского муниципального района утверждён Решением Муниципального Совета Рыбинского муниципального района Ярославской области от 24 апреля 2008 г. (№ 288 "О флаге Рыбинского муниципального района"). Тогда же утверждено и Положение о флаге. Официальное описание флага:

"Флаг Рыбинского муниципального района Ярославской области представляет собой червленое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3. Полотнище в масштабе 1:3 по горизонтали разделено поясом лазоревого цвета, символизирующим множественность водоемов на территории района, внутри которого изображены две сообращенные золотые стерляди; над поясом изображен черный восстающий медведь, обращенный направо (от зрителя налево), держащий в левой лапе на левом плече золотую секиру"

Согласно тексту Положения:

"3. Обоснование символики флага Рыбинского муниципального района
3.1. Обоснование символики флага Рыбинского муниципального района.
Флаг разработан на основе герба района, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и природные особенности района, связан с флагом Ярославской области и является органичным продолжением геральдической истории Ярославской области.

Материалы справочной правовой базы "Гарант"

Решением Муниципального Совета Рыбинского муниципального района Ярославской области от 29 января 2009 г. №403 "О внесении изменений в решение Муниципального Совета Рыбинского муниципального района от 24.04.2008 г. N 288 "О флаге Рыбинского муниципального района" было принято новое геральдическое описание флага Рыбинского муниципального района:

"Флаг Рыбинского муниципального района Ярославской области представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Рыбинского муниципального района в красном, синем, черном и желтом цветах".

Материалы справочной правовой базы "Гарант"

В феврале 2009 года флаг Рыбинского МР внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4672.