До принятия официального городского флага некоторое время неофициальным флагом Самары считался флаг болельщиков местной футбольной команды "Крылья Советов": зелено-бело-синий.

Использованы сообщения О.Герасимова

Ещё 22 сентября 1981 года копия Cамарского знамени была подарена болгарами городу Самаре и передана в Музей истории войск Приволжского ВО. То есть, что-то вроде городского флага было у города уже тогда.

Решением от 30 декабря 1998 года №192 Самарской городской Думой было утверждено Положение о Флаге города. За основу флага было взято широко известное "Самарское знамя". Согласно тексту Положения:

"Флаг города Самары представляет собой прямоугольное полотнище из трех равновеликих горизонтальных полос с изображением герба города Самары и надписи "Самара", расположенных с обеих сторон. Полосы флага имеют следующую расцветку: верхняя - красный, средняя - белый и нижняя - голубой цвет. Отношение ширины к длине флага составляет 1:2. Герб города Самары изображен по центру флага. Соотношение высоты и ширины герба к ширине и длине флага соствляет соответственно 1:2 и 1:7. Расстояние от верхней кромки флага до герба составляет 1:7 ширины флага. На голубой полосе флага, под гербом, расположена надпись "Самара", выполненная золотистыми буквами. Расстояние от нижней кромки флага до основания надписи относится к ширине флага как 1:7. Высота заглавной буквы равна высоте короны. Высота строчных букв составляет 1:10 ширины флага".

По сообщению О.Герасимова (г.Самара) реально соотношение длины и ширины полотнища составляет 3:2.

Использован текст Положения, опубликованный в статье И.Сметанникова "Как упоительны в Самаре вечера"/ Гербовед, №43,
изображения флагов реконструированы О.Герасимовым

Решением Думы городского округа Самара от 27 октября 2011 года №148 в Решение о флаге от 30.12.1998 года внесены изменения. Но внешний вид флага не изменился.