Флаг Самсоновского СП утвержден решением Совета депутатов Самсоновского сельского поселения от 13 июля 2018 года № 20 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 12010. Опиание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба Самсоновского сельского поселения, выполненные в красном, желтом, белом и синем цвете". Обоснование символики:
Флаг разработан на основе герба Самсоновского сельского поселения, и повторяет его символику, которая многозначна и отражает, природные, культурные, профессиональные и исторические особенности поселения.
В состав Самсоновского сельского поселения входит 18 населенных пунктов: села Ильинское и Иванниково; деревни Воронино, Горки, Дьяконово, Ивакино, Калинино, Обломихино, Полевая, Пьяньково, Самсонка, Сельцо и Серково; поселки Тихий Уголок и Трифоныч; хутора 1-е Мая, Затишье и Филиповка. Многие из них имеют богатую историю.
Современное поселение расположено на территории бывшей Ильинской волости вдоль правого берега Волги. Здесь же проходил известный старинный торговый тракт из Костромы в Суздаль.
Центр Самсоновского сельского поселения - Село Ильинское, которое находится на живописной возвышенностии и располагается рядом с автодорогой "Кострома-Иваново". Всякому проезжающему открывается широкая панорама: на живописном холме, утопающем в зелени садов и разноцветье палисадников, раскинулись желтые, красные, зеленые, голубые крыши и стены домов и дач.
Старинное село Ильинское, названное по имени церкви во имя пророка Ильи (а ранее по реке Кубани). Во флаге название села Ильинское отражено огненным колесом райской колесницы, на которой Илия был живым вознесён на небо, показанное лазорево-серебряным облаком.
Одновременно с этим колесо образовывает символ "круглого года", круговорота сезонов как основы сельскохозяйственного уклада, что подчёркивает особую роль сельского хозяйства в экономике поселения.
Многочисленные лучи, охваченные кольцом-ободом, аллегорически показывает единство и неразрывную связь каждого из 18 населенных пунктов Самсоновского сельского поселения.
Самсоновское сельское поселение входит в состав Костромского муниципального района, расположенного на берегах реки Волга, что в гербах поселений района показано оконечностью с бегущими волнами.
Символика цветов герба:
- желтый цвет (золото) - символ солнечного света, знаний, успеха, достижений, богатства;
- белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
- красный цвет (червлень) - символ труда, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника;
- синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Авторская группа:
- идея флага: Александр Люков (с.Ильинское), Алексей Позин (Кострома), Константин Моченов (Химки);
- художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
- обоснование символики: Алексей Позин (Кострома), Константин Моченов (Химки).

Источник - сайт Союза геральдистов России.