Флаг Саянского района утвержден решением районного Совета депутатов от 12 ноября 2009 года №53-343 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 5778. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее фигуры герба района, выполненные зеленым, белым, желтым и цветами".

Обоснование символики флага Саянского района.
Флаг разработан на основе герба Саянского района.
Присоединение территории современного Саянского района к русскому государству произошло в XVII столетии и связано со строительством Канского острога в 1636 году. Однако интенсивное заселение этих земель началось в конце XIX - начале XX веков. Приток переселенцев в основном шел из Орловской, Виленской, Минской, Могилевской, Воронежской и еще нескольких западных губерний России. На флаге Саянского района два слетающихся орла аллегорически символизируют переселенцев, ставших костяком оседлого населения.
- Орел как символ силы, уверенности, полета, стремительности характеризует лучшие качества людей, освоивших новые земли и сделавших их пригодными для жизни. Орел часто встречается в гербах городов и территорий, бывших исторической родиной многих переселенцев (Орел, Воронеж, Минск, Могилев) и в этом качестве орлы на флаге Саянского района стали своеобразными геральдическими преемниками, сохраняющими геральдическую традицию.
- Изображение гор и сияющего камня указывает на природно-географическое особенности района, расположенного в предгорье Восточного Саяна, на его богатые недра.
- Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности и уважения.
- Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
- Красный цвет - символ силы, мужества, труда, красоты и праздника.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России