Флаг Селижаровского района утвержден Решением Собрания депутатов района № 125 от 11 октября 2006 года.

Описание по данным Рег. гер. центра: "Голубое прямоугольное полотнище, воспроизводящее композицию гербового щита с вертикальной полосой у древка с изображением в верхней ее части шапки Мономаха на зеленой подушке".

Описание по данным В. Маркова (соотв. внесенному в регистр): "Прямоугольное синее полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, несущее вертикальную красную полосу у древка, составляющую 1/4 длины флага, с изображением в верхней части полосы шапки Мономаха, лежащей на зеленой подушке с желтой окантовкой по центру, и двумя желтыми же кистями. Размеры шапки Мономаха с подушкой составляют 1/4 ширины полотнища. В центре синего полотнища – изображение волнистого белого столба, соединенного с таким же тонки положенным стропилом и моста в виде желтой, мурованной черным стены с четырьмя зубцами и тремя просветами, о трех арках, положенные поверх прочих фигур так, что столт и половины стропила по его бокам проходят под разными арками моста".

На флаге символически представлены реки Селижаровка и Песочня, впадающие в Волгу там, где расположен поселок Селижарово.

Материалы взяты с сайта "Регионального геральдического центра" и из архива В. Маркова.

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3651.

В 2020 году муниципальное образование "Селижаровский район" преобразовано в Селижаровский муниципальный округ, при этом все муниципальные образования первого уровня упразднены. В административно-территориальном отношении Селижаровский район тогда же преобразован в Селижаровский округ.