Флаг Щербиновского сельского поселения утверждён решением Совета МО "Щербиновское сельское поселение" №14 от 5 марта 2007 года и внесён в Государственный геральдический регистр под № 3379. Описание флага:
"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее белую полосу, ограниченную в виде бегущих к древку волн, вдоль верхнего края, и ниже полосы - рог изобилия и окружающие его четыре четырехконечные звезды; рог и звезды желтого цвета".
Обоснование символики герба Щербиновского сельского поселения. Флаг составлен на основе герба Щербиновского сельского поселения. Флаг языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Щербиновское сельское поселение Щербиновского района самое молодое в Щербиновском районе, оно располагается на южном берегу Ейского лимана - узкая серебряная глава ограниченная бегущими вправо волнами.
Свою историю поселение начинает в 1932 году, когда на территории нынешнего поселка Щербиновский был образован свиносовхоз положивший начало процветанию будущего сельского поселения.
Решением Исполнительного комитета Краснодарского краевого Совета депутатов трудящихся от 26 августа 1958 года № 532 поселок при центральной усадьбе свиносовхоза "Щербиновский" совхозного поселкового сельского Совета был зарегистрирован и ему присвоено наименование поселок Щербиновский.
Сегодня на территории Щербиновского сельского поселения Щербиновского района расположены 4 поселка: Щербиновский, Восточный, Прилиманский и Северный - они показаны золотыми четырехконечными звездами.
Благодаря трудолюбию жителей всего сельского поселения его территория с каждым годом становится все прекрасней и богаче, что показано в гербе золотым рогом изобилия.
Зеленое поле - символизирует богатую природу сельского поселения, его развитое сельское хозяйство.
Желтый цвет - символ урожая, богатства, уважения, интеллекта, стабильности.
Белый цвет - символ мира, чистоты, простоты, совершенства, взаимопонимания.
Авторская группа:
Идея флага: М. Шарунов (Краснодар),
Компьютерный дизайн: М. Шарунов (Краснодар)
Обоснование символики: М. Шарунов (Краснодар), В. Нагаевский (Тихорецк)".
Материлы предоставлены М.Шаруновым (г.Краснодар)