Флаг Сергиево-Посадского района гербовый. На синем полотнище изображена стена с закрытыми черными воротами, за которой башня с золотым куполом, увенчанным крестом. По бокам башню сопровождают жёлтые бердыши.

Такой герб утвержден для Сергиевского Посада впервые в 1883 году и ныне восстановлен.

Флаг утвержден решением №15/4 Сергиево-Посадского районного Совета депутатов от 29 апреля 1998 года.

Изображение флага реконструировано П.Гроссом по фотографии

После образования Сергиево-Посадского муниципального района и городского поселения "Сергиев-Посад" в его составе было решено оставить уже существующий флаг за городским поселением. Для муниципального района создан другой флаг, отличающийся от городского деталями (в частности, на флаге района ворота в крепостной стене открыты). Флаг утвержден Решением №29-МЗ от 9 июня 2006 года.