Флаг Северо-Байкальского района утвержден Решением Совета депутатов МО "Северо-Байкальский район" от25 июля 2018 года № 530-V. Согласно тексту Положения о флаге района:

"3.1. Описание флага Северо-Байкальского района:
прямоугольное полотнище с отношением высоты к длине 1 : 2, состоящее из двух диагонально расположенных треугольников примерно одинаковых размеров, верхний зеленого цвета, нижний синего цвета разделённые между собой белой узкой полоской напоминающей форму чайки и символизирующей снежный Байкальский хребет.
В верхнем правом углу знак, означающий северную точку озера Байкал. Нижнюю часть флага по всей длине подчеркивает эвенкийский орнамент.
3.2. Обоснование символики флага:
Светло-зеленый цвет символизирует свободу, вечность жизни, обилие лесов на территории района.
Светло-синий цвет символизирует обилие водных ресурсов озера Байкал.
Белая разделительная полоса в виде чайки символизирует Байкальский хребет, покрытый снегами более 8 месяцев в году.
Эвенкийский орнамент символизирует первых поселенцев-жителей района, три эвенкийских рода - киндигиры, чильчигиры, шамагиры, которые поселились на севере озера Байкал более 400 лет.
Четырехконечный знак в верхнем правом углу флага символизирует самую северную точку озера Байкал.

По сообщению В. Пермякова