Флаг Северного района утвержден решением сессии Совета депутатов Северного района от 20 декабря 2006 года №6 "О флаге Северного района Новосибирской области".

Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное двумя диагональными зелеными полосами, выходящими из середины верхнего края полотнища и упирающимися расширяющимися концами в нижние углы, на две части: верхнюю – белую, несущую изображение двух синих снежинок, и нижнюю – синюю. несущую изображение черной капли, имеющей широкую белую кайму.

Решением Совета депутатов Северного района № 1 от 30 мая 2007 года рисунок и описание флага несколько изменены. После этого флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 3684. Новое описание флага:

Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух диагональных вогнутых зеленых полос, выходящих из середины верхнего края полотнища и упирающихся расширяющимися концами в нижние углы и несущее в углах верхней половины полотнища изображение двух синих снежинок, а в нижней половине – синего треугольника боковыми вогнутыми сторонами и изображением черной капли, имеющей широкую белую кайму.

Информация предоставлена В. Марковым. Рисунок флага - А.Куприным ("БИАР", г.Москва)