Флаг Шабельского СП утвержден решением Совета муниципального образования Шабельского сельского поселения Щербиновского района № 5 от 30 мая 2007 года. Тогда изображение маяка было сдвинуто к древку. Некоторые изменения в рисунок флага внесены решением Совета муниципального образования Шабельского сельского поселения Щербиновского района № 7 от 14 ноября 2008 года: маяк перемещён в центр полотнища, добавлены морские волны. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4603.

Полотнище зеленого цвета с соотношением сторон 2:3, несущее в центре желтое изображение маяка с лучами, достигающими боковых краев полотнища; вдоль нижнего края расположены две полосы – узкая желтая составляющая 1/20 ширины полотнища и широкая голубая составляющая 1/5 ширины полотнища, разделенные линией в виде остроконечных волн; голубая полоса несет троекратно повторенное желтое изображение сазана.
Обоснование символики:
Флаг составлен на основе герба Шабельского сельского поселения.
Флаг языком символов и аллегорий отражает исторические, географические и экономические особенности Шабельского сельского поселения.
История организованного освоения территории современного Шабельского сельского поселения Щербиновского района началась с первого межевания в 1783 году церковной земли церкви Николая Чудотворца, дачи-села Николаевка (Сазальник) Ростовского уезда Екатеринославской губернии, расположенного на берегу Азовского моря, принадлежащего оберпровиантмейстеру Дмитрию Васильевичу Змиеву.
Село Шабельское (Сазальник, Сазанлык, Николаевка) основанно в 1783 году. В 1797 г, после постройки церкви, освященной в честь святого Николая Угодника, переименовано в Николаевку. В 1811 году село переименовано в Шабельское.
Село расположено на косе Сазальницкой, названной по небольшой речушке Сазальник, поэтому издавна существовало второе название села Сазальник, которое является русской перегласовкой тюркского слова "сазанлык" – "изобилующий рыбой, сазанами", что на полотнище символически изображено тремя золотыми сазанами.
В настоящее время основной продукцией сельскохозяйственной деятельности является выращивание пшеницы, что символизирует жёлтый цвет полотнища. Жёлтый цвет также является символом богатства, уважения, стабильности.
Село является самой северной точкой Краснодарского края. На высоком берегу Азовского моря на территории села расположена погранзастава и маяк, изображённый на полотнище, который освещает путь судам и местным рыбакам.
Маяк является символом правильного выбора пути, надежды.
Желтый цвет – символ урожая, богатства, уважения, интеллекта, стабильности.
Зеленый цвет полотнища символизирует богатую природу сельского поселения, его развитое сельское хозяйство.
Синий (голубой) цвет полотнища символизирует водные просторы, добродетель, преданность, честь.
Авторская группа:
Идея флага: М. Шарунов (Краснодар).
Компьютерный дизайн: М. Шарунов (Краснодар).
Обоснование символики: М. Шарунов (Краснодар), В. Нагаевский (Тихорецк).

По материалам сайта "ГЕРАЛЬДИКА.РУ".