Флаг Шаймурзинского сельского поселения утвержден Решением собрания депутатов Шуймурзинского сельского поселения от 27 апреля 2018 года № 04 . Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11930. Согласно тексту Положения о флаге:

2.1. Описание флага Шаймурзинского сельского поселения гласит:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Шаймурзинского сельского поселения, выполненные в белом и синем цвете».
2.2. Рисунок флага Шаймурзинского сельского поселения приводится в Приложении 1 к настоящему Положению, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага Шаймурзинского сельского поселения.
Флаг Шаймурзинского сельского поселения на основе герба Шаймурзинского сельского поселения и повторяет его символику, которая языком символов и аллегорий рассказывает о знаменитом уроженце села Шаймурзино - народном поэте Чувашской Республики Геннадия Николаевича Айги (фамилия при рождении Лисин, далее сменил фамилию на родовую Айги, чуваш.Геннадий Николаевич Айхи (Лисин), (1934-2006 гг.).
Айги - один из лидеров советского авангардного искусства 1960—1970-х годов, внёсший огромный вклад в популяризацию чувашской поэзии и чувашской культуры в мире и получивший широкое признание: лауреат премии Андрея Белого (1987 г.), Пастернаковской премии (2000 г., первый лауреат), премии Французской Академии (1972 г.), премии имени Петрарки (1993 г) и др. Командор Ордена литературы и искусства (1998 г.).
Айги много занимался переводом мировой поэзии на чувашский. Признана роль Айги в мировой пропаганде чувашской поэзии и чувашской культуры. С начала 1960-х гг. стихи Айги публикуются в некоторых странах по-русски и в переводах на разные языки. В творчестве Айги сильно влияние чувашского и иного поволжского фольклора, вообще народной культуры. В то же время Айги непосредственно продолжает традицию русского и особенно европейского поэтического авангарда. Айги - поэт абстрактных метафор, которые далеко не всегда поддаются расшифровке, оставляя возможность индивидуального толкования. Его необычное творчество аллегорически показано двумя перьями направленные в разные стороны: вниз – рассказывающее о земном и жизненном, а вверх – о возвышенном и загадочном. Облаковидные края – аллегория божественного дара и творческого вдохновения поэта.
Применённые в гербе цвета символизируют:
- синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения;
- белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
2.4. Авторская группа.
Идея флага, обоснование символики и художник: Мидхат Шакиров (д.Долгий Остров).
Компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).
Геральдическая консультация: Константин Моченов (Химки).

По сообщению В. Пермякова.