До 2021 года существовало муниципальное образование "Шатровский район" (муниципальный район), в 2021 году оно преобразовано в Шатровский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Шатровский район сохранен.

Флаг района утвержден решением Шатровской районной Думы от 13 февраля 2013 года № 271 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8337. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, верхние углы которого от середины боковых краев до середины верхнего края вогнутой линией и имеют белый цвет. В середине полотнища и в верхних углах изображены зеленым, желтым, белым и голубым цветом фигуры из герба Шатровского района".

Обоснование символики флага Шатровского района.
Флаг языком символов и аллегорий отражает природные, исторические и культурные особенности Шатровского района:
- зеленая часть полотнища в виде куполообразного шатра - гласный символ названия района;
- серебряная глава - символ расположения Шатровского района на севере Курганской области;
- золотой сноп - символ высокоразвитого сельского хозяйств района, специализирующегося на выращивании зерновых культур. Курганская область - житница России, лидер в Уральском Федеральном округе в производстве натуральных продуктов питания;
- серебряная шестерня - символ механизации труда тружеников полей, развитого промышленного потенциала района.
- ветки сосны с шишкой - символ богатства района хвойными лесами, а также развитой лесоперерабатывающей промышленности;
- вьющаяся лазоревая лента символизирует реки и озера Шатровского района, крупнейшими из которых являются река Исеть, озеро Пустынное.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Серебро - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Золото - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Лазурь - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Авторская группа:
идея: Константин Моченов (Химки);
художник: Оксана Афанасьева (Москва);
компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Материалы cайта Союза геральдистов России