Флаг сельского поселения Шедокское утвержден решением № 175 Совета Шедокского сельского поселения Мостовского района от 21 октября 2013 года и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 9511.

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трёх горизонтальных полос, ширины которых соотносятся как 1:3:2, синего (голубого), зелёного и белого цветов; в центре зелёной полосы - выполненные жёлтым цветом косуля с чёрными глазами и мордой между двух, того же цвета, веток дуба собранных из четырёх листьев сложенных в прямой крест и четырёх плодов сложенных в косой крест; в центре белой полосы - ветка черешни собранная из трёх красных плодов на зелёных плодоножках и двух зелёных листьев".
Обоснование символики герба и флага.
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Одним из элементов герба Шедокского сельского поселения является единый элемент гербов поселений Мостовского района - три зелёные с заснеженными вершинами горы, средняя из которых выше других. Данное изображение указывает на горные вершины Кавказа, у подножия которых расположены поселения района.
Серебряные (белые) горные вершины символизируют красоту окружающей природы, совершенство, чистоту, мир.
Лазоревый (синий, голубой) цвет символизирует чистое небо, честь, искренность, добродетель, возвышенные устремления.
Зеленый цвет символизирует природу, покрытые зелёными лесами горы, плодородие, жизнь, здоровье.
Изображение ветки черешни аллегорически указывает на наименование поселения. По одной из версий, наименование поселения Шедок переводится с одного из адыгейских диалектов как черешня. Деревья черешни и в настоящее время произрастают на территории поселения в большом количестве.
Изображение дубовых веток указывает на красоту окрестных лесов, гордость которых – кавказский дуб. Две ветки аллегорически указывают на два населённых пункта в составе поселения. Жёлуди – символ молодого поколения, надежды сельского поселения.
Косуля - типичный обитатель горных склонов Шедокского сельского поселения. Изображение косули указывает на богатый животный мир гор Западного Кавказа. Косуля является символом природной гармонии, благородства, грациозности, динамичности и дружелюбия.
Золото (жёлтый цвет) символизирует процветание, достаток, стабильность, почёт и уважение.
Автор герба, изображение и обоснование символики: В. Нагаевский (Тихорецк)

Материалы предоставлены "Геральдикуму" М.Шаруновым