В XIX веке неподалеку от деревеньки Щербинка появилась одноименная железнодорожная платформа. Постепенно населенный пункт заселялся фабричными рабочими, затем переселенцами из Москвы. В 1938 году поселение получило статус "рабочего поселка". Ныне - город. До 2012 года cуществовал Щербинский городской округ Московской области. С 1 июля 2012 года вступило в силу Соглашение об изменении границы между субъектами Российской Федерации городом Москвой и Московской областью от 29 ноября 2011 года. К Москве отошли 2 городских округа и 19 городских и сельских поселений на юго-западе Московской области. В том числе и Щербинский городской округ с городом Щербинка. В составе Москвы МО сохранило наименование "городской округ Щербинка".

Положение о флаге города Щербинки утверждено Решением Совета депутатов города Щербинки от 27.07.2004 года №353/96:

"1.2. Положение о флаге и оригинал изображения флага города Щербинки хранятся в Администрации города Щербинки и доступны для ознакомления всеми заинтересованными лицами.
...
3. Описание флага города Щербинки.
Флаг города Щербинки представляет собой красное прямоугольное полотнище со светло-синей полосой у древка во всю ширину флага, которая составляет одну восьмую длины флага. В центральной части красного полотнища изображен герб города Щербинки, который занимает с сохранением пропорций 2/3 ширины флага. Отношение ширины флага к его длине - 1:2".

Утверждённый флаг просуществовал недолго. Уже Решением Совета депутатов города Щербинки №370/104 от 20 октября 2004 года принято новое "Положение о флаге МО "город Щербинка" Московской области". Согласно тексту Положения:

"3.1. Описание флага города Щербинки:
"Флаг города Щербинки представляет собой прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3;вдоль узких сторон красные полосы в 1/5 длины полотнища каждая. На фоне синей полосы воспроизведены фигуры герба: желтая сквозная арка, мурованная белым, имеющая по внешней стороне закругленного верха стенозубчатый белый край; вверх и в стороны из-за арки расходятся желтые, тонкие вписанные лучи. Внутри арки серебряное кольцо, соединенное с опорой того же металла, внизу вписанной в кольцо, вверху - заменяющей часть кольца".
3.2. Обоснование символики флага города Щербинки:
Флаг города Щербинки разработан на базе герба, за основу которого взяты символы старейших градообразующих предприятий города:
- кольцо, соединенное с опорой, в форме железнодорожного рельса символизирует Экспериментальное кольцо Всероссийского научно-исследовательского института железнодорожного транспорта;
- сквозная кирпичная арка (печь) - Щербинский завод электроплавленных огнеупоров и расположенное на территории города предприятие Подольскогнеупор;
- стенозубчатый край (шестерня) - Щербинский лифтостроительный завод.
Сияние в виде лучей символизирует жизнь и молодость.
Красные полосы по краям символизируют принадлежность к Московской области.
Лазурь (синий, голубой ) - символ чести искренности и добродетели , в гербе города Щербинки также символизирует аэропорт и входящий в состав города гарнизон Остафьево.
Золото - символ прочности и силы, справедливости и самостоятельности.
Серебро - символ чистоты и откровенности.
3.5.Авторская группа:
Идея флага: Назаров М.В. (город Щербинка); Агафонов О.В. (город Москва);
Обоснование символики: Назаров М.В. и Яшин В.Г.(город Щербинка); Агафонов О.В. (город Москва);
Компьютерный дизайн : Назаров М.В. и Картушин Е.В. (город Щербинка).
Геральдическая доработка: Моченов К.Ф. (город Химки)".

Материалы сайта города Щербинки

Флаг Щербинки внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №1749.

После присоединения Щербинки к Москве Решением Совета депутатов городского округа Щербинка в городе Москве от 1 декабря 2014 года № 196/22 "О гербе и флаге муниципального образования "городской округ Щербинка в городе Москве" ранее утвержденные герб и флаг городского округа Щербинка Московской области были установлены в качестве официальных символов городского округа Щербинки в городе Москве. Утверждены также Положения о гербе и флаге. Описание флага не изменилось.

соб.инф.

Решением Совета депутатов ГО Щербинка в городе Москве от 6 декабря 2018 года № 41/7 "Об официальных символах (гербе и флаге) ГО Щербинка в городе Москве" был определено считать символами ГО Щербинка уже существующие символы МО "город Щербинка" Московской области (2014 г.). Документы о символах Щербинки 2014 и 2014 годов отменены.

По информации В. Пермякова