Флаг Школьненского СП утвержден решением № 64 [по данным В. Маркова - № 62] Совета Школьненского сельского поселения Белореченского района от 8 декабря 2015 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10743. Согласно тексту Положения о флаге:

Описание флага.
«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3,воспроизводящее композицию герба Школьненского сельского поселения Белореченского района в синем, белом и красном цветах».
Обоснование символики герба и флага.
Герб языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Школьненское сельское поселение расположено между рек Белая и Псенафа, что аллегорически показано серебряными (белыми) скошенными главой и оконечностью.
Серебро (белый цвет) – символ мудрости, совершенства, справедливости, дружбы и взаимопонимания.
Лазоревый (синий, голубой) цвет поля герба символизирует честь, искренность, добродетель, возвышенные устремления и чистое небо.
Административный центр сельского поселения село Школьное образовано в 1967 году из трёх населённых пунктов: х. Школьного, х. Соломенного и села Воронцово-Дашковского. Село Воронцово-Дашковское названо в честь графа Воронцова-Дашкова. Геральдические лилии и розы переменных цветов в рассечённом поле – элементы герба графа Воронцова-Дашкова.
Изображение лошади указывает на расположенный в поселении конезавод и на особое отношение местных жителей к данному животному.
Лошадь – символ храбрости, силы, быстроты, жизненной энергии.
Изображение геральдической розы символизирует совершенство, красоту, плодородие. Геральдическая лилия – символ чистоты, возрождения.
Авторская группа:
идея герба и изображение В. Нагаевский (Тихорецк);
обоснование символики:В. Нагаевский и Н. Нагаевская (Тихорецк).

Материалы предоставлены М.Шаруновым