Шкотовский район образован в 1936 году. В 2004-2023 годах существовало муниципальное образование Шкотовский муниципальный район. В состав муниципального района входили муниципальные образования первого уровня: два городских поселения: Смоляниновское и Шкотовское и пять сельских поселений: Новонежинское, Подъяпольское, Романовское, Центральненское, Штыковское.

В 2005 году "Союзом геральдистов России" предложен проект флага района. Решением Думы Шкотовского муниципального района Приморского края от 24 января 2006 года №163 "О флаге Шкотовского муниципального района" было решено представленный проект не утверждать, но продолжить разработку флага, работа вновь поручена "Союзу геральдистов России".

...

Флаг Шкотовского муниципального района утверждён Решением Думы Шкотовского муниципального района от 26 сентября 2006 года № 244 и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под №2621.

Описание флага
"Флаг Шкотовского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из красной и голубой горизонтальной полосы, шириной в соотношении 5:2. В середине красной полосы три кедровые шишки с побегами, а в середине голубой части — рыба; все фигуры выполнены в жёлто-оранжевых цветах".

Обоснование символики
Флаг символизирует историко-географические и экономико-политические особенности Шкотовского района.
В Шкотовском районе расположена значительная часть Уссурийского заповедника. Одно из его богатств — крупный массив кедрово-широколиственных лесов. Особое место среди многих представителей флоры этих лесов занимает корейский кедр, обеспечивающий питанием животный мир тайги. Для многих коренных жителей Сибири и Приамурья кедр наравне с лиственницей является священным деревом. Кедровая ветка с шишками символизирует богатство природы Приморского края, связь человека с природой, прошлого с настоящим.
Расположенный на берегу Уссурийского залива Шкотовский муниципальный район богат рыбными запасами, имеющими промышленное значение. В бухтах и реках района водится терпуг, камбала, навага, корюшка, треска, минтай, кукумария, гребешок и другие виды рыб и морепродуктов. Все они символически представлены изображением рыбы.
Фигуры изображены жёлтым цветом, что символически отражает богатство здешних мест не только лесами и водными просторами, но и природными ресурсами в виде залежей редких металлов (германия), углей (бурого и каменного) и золота.
Но главное богатство района — люди, которые своим трудом приумножили эти богатства, а своей самоотверженностью отстояли эту землю от посягательств интервентов в годы Гражданской войны и на фронтах Отечественной войны, что символически отражено на флаге красным цветом. Красный цвет — символ мужества, решимости, трудолюбия, жизнеутверждающей силы и красоты.
Жёлтый цвет является символом власти, постоянства, уважения, великодушия.
Голубой — символизирует все водные ресурсы района (Уссурийский залив, реки и водохранилища). Голубой цвет также символизирует честь, преданность, истину и добродетели.

Источник - "ГЕРАЛЬДИКА.РУ"

В 2023 году Шкотовский муниципальный район преобразован в Шкотовский муниципальный округ, при этом все входящие в муниципальный район городские и сельские поселения утратили статус муниципальных образований. Как административно-территориальная единица Шкотовский район сохранился.