Флаг сельского поселения Шкуринское утвержден Решением Совета муниципального образования Шкуринского сельского поселения № 172 от 5 декабря 2008 года и уточнен Решением № 205 от 8 декабря 2008 года. В версии от 5.12.2008 года изображался только один конь, а вверху у древка чёрный щиток со старинной эмблемой Шкуринского куреня (белого креста под короной и в окружении дубового венка). В версии от 8.12.2008 года коней стало два, а символика куреня переместилась на чёрную вертикальную полосу. Герб внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №5098.

"Полотнище малинового цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее посередине чёрную вертикальную полосу в 1/9 длины полотнища, а вдоль нижнего края расширяющуюся от древка желтую орнаментальную полосу, образованную силуэтами двенадцати стилизованных колосьев, увеличивающихся вместе с шириной полосы (возрастающей от 1/4 до 1/2 ширины полотнища), причем черная полоса проглядывает сквозь элементы желтой; над полосой посередине и выше центра расположено изображение старинной символики Шкуринского куреня - белого креста под такой же короной, в окружении жёлтого дубового венка, по сторонам которого белые с черными деталями изображения вставших на дыбы коней".
Обоснование символики:
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Изображение двенадцати пшеничных колосьев символизирует плодородие, достаток и аллегорически указывает на двенадцать поселений района, основой развития которых является выращивание зерновых.
Пурпурный (малиновый цвет) – определяющий цвет запорожских (черноморских) казаков аллегорически указывает на то, что Шкуринский курень (позже станица) является одним из 38 переселившихся на Кубань казачьих куреней. Пурпурный (малиновый) цвет символизирует цветущую землю, верность, скромность, духовное богатство
Изображение вздыблённых коней аллегорически указывает на конно-спортивную школу, находящуюся в поселении и символизирует храбрость, силу, быстроту и жизненную энергию.
Серебряный (белый) прямой равноконечный крест с венчающей серебряной короной и обрамлённый золотой дубовой ветвью ¬¬– древняя эмблема Шкуринского куреня, ещё со времён Запорожья.
Чёрный цвет столба, поверх которого расположена древняя эмблема Шкуринского куреня, аллегорически указывает на "черные" страницы в истории станицы Шкуринской.
Изображение креста символизирует христианство.
Обрамляющая крест с короной золотая дубовая ветвь символизирует мужество, отвагу и доблесть казаков - шкуринцев.
Авторская группа:
Идея герба: В. Нагаевский (Тихорецк), М. Шарунов (Краснодар), А. Раков (Краснодар), А. Сиденко (ст. Шкуринская);
Изображение и обоснование символики: В. Нагаевский (Тихорецк).

Источник информации - портал "Геральдика.Ру" (информация М.Шарунова), а также сообщение В. Маркова