Флаг Сибая утвержден решением Совета городского округа город Сибай Республики Башкортостан от 14 июля 2006 года № 125, внесен в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан с присвоением регистрационного № 035, внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации с присвоением регистрационного № 3240. Первоначально дизайн флага был другим (синяя и зеленая горизонтальные полосы, на их границе бегущая куница, у древка белый треугольник), но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был изменён. Флаг разработан группой дизайнеров из Санкт-Петербурга. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех горизонтальных полос: верхней синего цвета, средней белого цвета (каждая шириной 1/5 ширины полотнища) и нижней зеленого цвета (зеленая полоса переходит в белую с башкирским орнаментом, подобным чередующимся росткам в три листа и малым остриям); в центре зеленой полосы бегущая к древку куница желтого цвета".

"Город Сибай расположен на стыке Европы и Азии, где восточное предгорье Южного Урала одним из красивейших хребтов – Ирендыком незаметно переходит в Зауральское плато. Своим рождением город обязан природным богатствам края. На Урале люди с древнейших времен добывали медь. Это доказывают раскопки на месте древних городов Аркаим и Таналык. По легенде, начало городу положил простой охотник из деревни Старый Сибай: раскапывая нору куницы, он наткнулся на тяжелую красную глину с высоким содержанием меди, золота и серебра. На месте открытого им месторождения возник город Сибай. Поэтому основной фигурой герба является золотая куница, бегущая по зеленому полю. Цветок курая во главе герба – символ единства многонационального населения города. Зеленое поле в виде силуэта гор обрамлено золотым национальным орнаментом «кускар» в знак расположения города на исконных башкирских землях. Включение в композицию герба силуэта гор показывает, что процветание Сибая связано с горнодобывающей промышленностью. Использование в гербе трех цветов флага республики: синего, белого и зеленого – символически определяет место города Сибая как экономического и культурного центра Зауралья. Лазоревый цвет означает ясность и чистоту помыслов. Серебряный цвет – миролюбие, открытость, готовность к взаимному сотрудничеству. Зеленый – цвет природы, весны, надежды, вечности жизни."

Материалы книги "Башкоротостан. Государственные символы и символика городов и районов", Уфа, 2007 г. Текст документа прислан В. Марковым