Флаг муниципального образования "Сковородинский район" утверждён решением №301 районного Совета народных депутатов 21 июля 2006 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2561. Описание флага:

"Флаг Сковородинского района представляет собой жёлтое полотнище с соотношением ширины к длине - 2:3, несущее вдоль нижнего края две полосы по 2/15 ширины полотнища каждая; верхняя полоса составлена из 5 чередующихся белых и чёрных частей, а нижняя полоса - из 4 чередующихся красных и зелёных частей; посередине жёлтой части воспроизведён малиновый, с жёлтыми глазами, клювом и лапами орёл с распростёртыми крыльями, держащий в клюве чёрную змею и стоящий на бело-чёрной полосе".
Обоснование символики флага Сковородинского района.
Флаг символизирует историко-географические и экономико-политические особенности Сковородинского района.
История города Сковородино и всего Сковородинского района начинается в далеком 1650 году, когда известный землепроходец Ерофей Хабаров (в честь которого назван главный город Хабаровского края - Хабаровск, а также железнодорожная станция «Ерофей Павлович», расположенная на территории Сковородинского района) основал острог Албазинский.
Этот острог (затем крепость Аблазин, в настоящее время село Албазино Сковородинского района), в честь заслуг по охране этих мест от внешних врагов получил в 1682 году печать, на которой был изображен орел со стрелами и луком.
На современном гербе орел изображен побеждающим змею, которая в российской символике связана с образом неправедной силы. Малиновый орел на гербе символизирует благородство происхождения, древность, поскольку Сковородинский район - одно из первых мест в Амурской области освоенное русскими переселенцами.
Змея на гербе несет дополнительную смысловую нагрузку, гласно указывая на первоначальное название центра района – поселок Змеиный.
Узкая оконечность из зелени и красного (традиционные цвета пограничного столба) символизирует расположение района на границе с Китаем (пограничный переход в селе Джалинда). Черно-белый пояс (традиционное изображение железной дороги на картах и схемах) символизирует железнодорожные магистрали пересекающие район с запада на восток (Транссибирская магистраль) и с севера на юг (Дальневосточная железная дорога).
Богатство здешнего края, в котором выделяется Верхне-Приамурская золото-молибденовая зона, отражены на флаге желтым полем щита.
Желтый цвет – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, солнечного света.
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность.
Белый цвет – символ чистоты, света, добра.
Красный цвет – символ мужества, решимости, трудолюбия, жизнеутверждающей силы и красоты.
Зеленый цвет символизирует здоровье, природу, сельское хозяйство.
Авторская группа:
идея герба: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России